Pabradė įsikūrusi abipus Žeimenos, toje vietoje, kur ši prasiveržia skersai priemolingos pakilumos, o iš dešinės į ją įteka Dubinga. Netoli miesto plyti smėlingos Žeimenos lygumos. Žeimena čia srauni, rėvinga, yra brastų. Spėjama, jog nuo žodžio „brada“ ar „palei bradą“ atsiradęs ir vietovės pavadinimas. Pro Pabradę ėjo keliai Vilnius–Švenčionys–Daugpilis ir Vilnius–Inturkė–Molėtai, ir kol nebuvo tilto, per Žeimeną buvo keliamasi brasta. Prie brastos buvo ir smuklė, kuri galėjo duoti pradžią visai gyvenvietei.
Vietovė rašytiniuose šaltiniuose minima nuo XV a. 2-osios pusės. Tada ji su nedideliu dvaru priklausė Nosilovskiams, vėliau Radviloms, Tyzenhauzams, Masalskiams, dar vėliau – Tiškevičiams. Ilgą laiką gyvenvietė priklausė dvarui. Manoma kad žemės, kur įsikūręs Pabradės miestas, priklausė Nalšiai, nalšėnams, kuri rašytiniuose šaltiniuose minima tarp 1229 ir 1298 metų.
Iki XIX a. vidurio (kol buvo nutiestas geležinkelis ir Pabradė tapo miestu) gyvenvietė buvo menka. Iš lėto augo prie Vilniaus-Daugpilio pašto kelio. Netoli miesto centro išliko buvusios smuklės (XVIII a.) pastatas. Senais laikais čia buvusi pašto arklių pakaitos stotis, užvažiuojamasis kiemas. XIX a. 2-ojoje pusėje įkūrus geležinkelio stotį, pradėjo augti miestelis. Dešiniajame Žeimenos krante buvusi dalis priklausė Vilniaus apskričiai, kairiajame – Švenčionių apskričiai. Dauguma gyventojų vertėsi miško ruošos ir plukdymo darbais. Buvo čia nedidelių įmonių: spirito varykla, elektrinė.
1940 m. pradžioje Lietuvos vyriausybės sprendimu Pabradėje buvo įkurta priverčiamojo darbo stovykla, kurioje buvo kalinami komunistai. II pasaulinio karo metu čia kalėjo fašizmo priešininkai, vyko masinės žudynės.
1946 m. Pabradei suteiktos miesto teisės. Sovietmečiu 2-ojoje vidurinėje mokykloje įkurtas kraštotyros muziejus. 2003 m. įkurta sentikių parapija. 2006 m. patvirtintas Pabradės herbas.